W XIII wieku w samym centrum miasta powstaje kościół i cmentarz. Brno się rozwija, ludności przybywa. Ograniczenia wynikające z fortyfikacji, epidemii dżumy i cholery, które dziesiątkowały społeczeństwo i ogólny brak miejsca stają się przyczyną wprowadzenia wymiennego systemu grzebania zwłok. Jest to praktyka znana w tych czasach. Polega na tym, że po upływie 10 do 12 lat od pochówku szczątki się wyciąga i składuje w zbiorowych kostnicach, by na to miejsce móc pochować kolejnych zmarłych.

W 1784 roku podczas reform Józefińskich zadecydowano o zamknięciu cmentarza kościelnego z przyczyn higienicznych. Ostatnie szczątki złożono do krypty, mury cmentarne zburzono, a przestrzeń wokół kościoła wyłożono niepotrzebnymi już nagrobkami. Po zapełnieniu krypty i kostnicy zamknięto wejście kamienną płytą… i zapomniano. 

Dopiero w 2001 odkryto tę przestrzeń. Podczas badań archeologicznych szczątki zostały wyjęte, oczyszczone i na powrót ułożone w nowych aranżacjach. Jedynie w jednej komorze znajdują się pierwotnie ułożone kości. Na ossuarium składa się kilka pomieszczeń. Szacuje się, że w dawnych kryptach znajdują się szczątki z ponad 50 tysięcy ciał. Brneńskie ossuarium jest drugim co do wielkości największym w Europie (zaraz po paryskim).

Łatwo dać się zauroczyć staranie ułożonym w finezyjne ornamenty obiektom i zapomnieć, że mamy do czynienia ze szczątkami. Bywając w ossuariach, czy muzeach, gdzie wystawiane są ludzkie szczątki, warto mieć na uwadze, że patrzenie na te ciała jest wyjątkowym przywilejem.